2020年年初，东南亚各国均受到新冠肺炎疫情（以下简称“疫情”）严重影响。截至2020年12月31日，东南亚11国确诊总数达1522449人，死亡34663人。其中，印尼排名最高，确诊病例743198人，死亡22138人。单日新增确诊病例曾于12月1日达6267例，创东南亚单日最高纪录。为防控疫情传播，东南亚大多数国家均采取不同程度的“封国”措施，曼谷、仰光、吉隆坡、雅加达、马尼拉等城市一度被封闭。年底，随着疫情有所缓解，部分国家逐渐“解封”，新加坡于12月28日进入“解封”第三阶段；缅甸于12月16日恢复国内航线；柬埔寨12月31日允许部分公共场所开放。疫情导致东南亚经济陷入危机，许多企业倒闭，失业率上升。据国际劳工组织数据显示，东南亚国家2020年4月至6月期间失去了4800万个全职工作岗位。其中，泰国预计全年失业率增长3%-4%；缅甸贫困率从2018-2019财年的22%增加至2020-2021财年的27%，460万人口变得更加贫困。亚洲开发银行发布报告称，疫情使东南亚经济增长面临压力，特别是印尼、马来西亚、菲律宾等国。2020年东南亚经济增长率预期为-4.4%，2021年经济增长率有望达到5.2%。
《区域全面经济伙伴关系协定》（RCEP）是东盟2012年发起并主导、成员国间相互开放市场、实施区域经济一体化的自由贸易协定。该协定涵盖全球约23亿人口，GDP总和超过25万亿美元。2020年11月，第四次RCEP领导人会议以视频方式举行，会后东盟和中国、日本、韩国、澳大利亚、新西兰正式签署RCEP，标志着当前世界上人口最多、经贸规模最大、最具发展潜力的自由贸易区正式启航。RCEP包括20个章节，涵盖货物贸易、服务贸易、投资、市场准入、原产地规则、贸易便利化、知识产权、电子商务、竞争政策、政府采购等方面规则。RCEP签署后，东盟国家普遍持积极态度，表示该协议将对未来地区经济发展起到至关重要的作用，尤其对疫后经济复苏效果显著。在保守主义、单边主义盛行的当下，东盟积极促成RCEP，承诺减少分歧、降低外资进入标准，将对经济全球化和区域经济一体化产生积极作用。长期以来，东盟经济一体化程度不高、各国经济发展不平衡等短板对区域经济发展形成掣肘，签署RCEP后有助于东盟解决上述问题。
受疫情影响，2020年中国与东南亚国家高层互访的频次大幅减少，但仍通过视频会议、通话、致电等方式保持友好关系发展势头。1月，习近平主席对缅甸进行国事访问。疫情期间，习主席先后与越南共产党总书记兼国家主席阮富仲、印尼总统佐科、马来西亚总理马哈蒂尔、老挝人民革命党总书记兼国家主席本扬、缅甸总统温敏、菲律宾总统杜特尔特、泰国总理巴育、柬埔寨首相洪森、新加坡总统哈莉玛、缅甸国务资政昂山素季等通电话或致贺信，就建交纪念、抗疫合作、深化双边关系等进行交流，并在第十七届中国－东盟博览会和中国－东盟商务与投资峰会开幕式上致辞。李克强总理先后与马来西亚总理穆希丁、越南总理阮春福、老挝总理通伦、新加坡总理李显龙等通话，并以视频方式出席第23次中国－东盟领导人会议、第四次RCEP领导人会议、澜沧江－湄公河合作第三次领导人会议、东盟与中日韩抗击新冠肺炎疫情领导人特别会议等。年内，老挝总理通伦和柬埔寨首相洪森、国王西哈莫尼、太后莫尼列访华。此外，杨洁篪、王毅等将东南亚作为我国疫后打开局面的重点地区，分别访问缅甸、柬埔寨、老挝、马来西亚、泰国等。
2020年，美国等域外势力介入南海的频次和程度不断加大，特别是在美国极右翼反华势力挑动下，南海问题成为中美间可能爆发冲突的焦点之一。7月，美国国务院使用强烈措辞指责中国在南海地区拥有大部分海上资源“完全是非法的”，污蔑中国通过“欺凌手段控制资源”。8月，美国商务部以“帮助中国军方在南海修建人工岛”为借口，将24家中国企业列入制裁名单。同时，美国海军舰船继续以“维护地区稳定”为借口在南海开展“航行自由行动”，美军侦察机不断冒用他国客机代码抵近中国，并在中国于南海进行军事训练活动时进入南海实施挑衅。同时，越南、印尼、马来西亚、菲律宾与中国在南海发生多次摩擦和对峙，但总体能够保持克制和对话。7月，印尼、菲律宾、泰国、缅甸、柬埔寨等国的10多个政党表示，支持南海争议当事方通过对话协商解决分歧，共同维护南海地区和平稳定，反对外部势力干涉本地区事务。8月，菲律宾表示不会加入美国等国在南海举行的军事演习，以免加剧地区紧张局势。11月，东盟第37届领导人峰会重点讨论贸易和疫情，未提及海洋主权问题。可以预计，美国拜登政府上台后不会改变既有南海政策，美军将继续在南海开展“航行自由行动”、演习、巡逻等活动，其与东南亚国家的武器装备合作也将持续。
2020年，中国与东南亚国家在基础设施建设方面的合作取得多项突破性进展。中老高速公路万象至万荣段通车，实现老挝高速公路零的突破；中国企业承建的越南首条城市轻轨全线完工；中老昆明-万象铁路的万象、磨丁、纳堆站封顶，阿墨江大桥、南溪河大桥合龙，全线75座隧道全部贯通；印尼雅万高铁第1、3、7、10号隧道贯通，全线钢构连续梁开始施工；中泰铁路一期工程复工，双方签署多项阶段性合同；中缅签约皎漂深水港项目合同；中菲签署马尼拉“三座桥”项目合同；柬埔寨金边-西哈努克港高速公路初现雏形。同时，中国与东南亚国家在5G基建方面的合作成效显著。菲律宾与华为合作完成5G测试，并合作推出5G移动服务；泰国与华为共同打造东南亚首个OTN品质专线网，为“泰国4.0”战略打造坚实网络基础；印尼与华为签署合作开发5G技术及培养人才协议。但是，中国与东南亚国家合作也面临一些干扰。受疫情反复的影响，东南亚国家人力调配不到位，工程建设进程拖延。同时，因美西方恶意挑拨、抹黑中国，导致相关项目进展迟缓，新项目推进困难。随着RCEP的签署并逐步落实、南海局势总体保持稳定，以及抗疫和疫苗合作的深入推进，中国与东南亚国家在基建方面的合作将持续向好。
2020年，美日印频繁向东南亚国家示好。在外交上，美国国务卿蓬佩奥、国家安全顾问奥布莱恩、代理国防部长米勒先后访问印尼、越南、泰国、菲律宾等国，就经济、军事、能源等问题与上述国家达成多项共识。日本新首相菅义伟选择越南、印尼作为其上任后首次外访国家。印度陆军司令纳拉万、外交部外秘什林拉访问缅甸。在军事上，1月，美国批准新加坡购买隐形战斗机协议。3月，美国“罗斯福”号航母访问越南。7月，美国“尼米兹”“里根”号航母战斗群在南海海域演习。8月，美国、菲律宾、新加坡、文莱等10国举行“2020环太平洋军演”。10月，印度海军正式向缅甸移交一艘二手基洛级潜艇，并同意向缅军提供火炮、坦克、防弹衣和其他装备。12月，印度海军“契尔丹”号护卫舰抵达越南胡志明市，与越军举行联合军演。美日印还与越南、菲律宾、印尼等国签署多项舰机装备合作协议并实现部分交付。在地区问题上，美国希望借越南任东盟轮值主席国之机将南海议题楔入东盟议程，于7月公开声称中国在南海的领土声索“完全不合法”。9月，美国宣布启动湄公河—美国伙伴关系，称之为“印太愿景和东盟战略伙伴的不可或缺部分”。此外，美国还积极拓展美日印澳“四边机制”，尝试拉拢越南加入。
新加坡于7月10日举行第十三届国会选举，连续执政55年的人民行动党获得国会93个席位中的83席，李显龙连任总理。此次选举中，人民行动党支持率较上届下跌8.66%，反对党工人党取得有史以来最好成绩，国会议席从6席增加至10席。主要原因是，李显龙政府因前期抗疫不力受到选民诟病，李显龙本人执政能力和个人魅力也远不及其父李光耀。未来几年，李显龙可能选择逐步隐退，新加坡将进入变革期。缅甸于11月8日举行五年一届的议会换届选举。昂山素季领导的执政党民盟获得压倒性胜利，将于2021年初再度组阁执政。大选期间，缅甸社会保持基本稳定，民盟的政治对手缅甸军方基本上承认选举结果。但反对党巩发党质疑大选公正性，部分少数民族政党、反政府武装组织要求尽快在被取消大选资格的选区进行补选。未来，民盟将凭借在议会中第一大党的优势及昂山素季个人在民众中的支持度，在第二任期内有所作为，但仍面临妥善处理与军方关系、推进国内和平进程、发展国家经济和改善民生、解决党内人才断档现状等亟需解决的问题。
2020年马来西亚执政联盟希望联盟（以下简称“希盟”）内部矛盾激化，引发马政坛剧变。时任总理、希盟成员土著团结党荣誉主席马哈蒂尔曾在2018年希盟赢得大选后承诺，执政两年后将总理职位移交给希盟成员人民公正党主席安瓦尔。但两年来，希盟各盟党间和各党派内部难以就该问题达成共识。2020年年初，希盟再次向马哈蒂尔施压，要求其就移交权力明确时间表。2月23日，希盟内部的土著团结党、人民公正党阿兹敏派系，以及在野的马来民族统一机构（巫统）、伊斯兰党等政党领袖召开秘密会议，商讨成立新的政治联盟、组成新内阁。2月24日，马哈蒂尔在与安瓦尔、林冠英等希盟领袖会面后，突然宣布辞去总理和土著团结党荣誉主席职务。同日，土著团结党主席穆希丁宣布该党退出希盟，希盟在国会下议院席位立减26席，人民公正党也宣布开除阿兹敏等11名议员的党籍，希盟土崩瓦解。本想凭借马哈蒂尔辞职顺任总理的安瓦尔，因希盟席位未达下议院半数而无法当选。2月29日，马最高元首阿卜杜拉任命穆希丁为新任总理。穆希丁是此次事件中的“黑马”，但上台后地位并不稳固，面临安瓦尔和马哈蒂尔的夹击，土著团结党在下议院也并不占优。12月，马国会通过政府提出的2021年财政预算，但支持票仅领先3票。下一步，穆希丁政府的首要任务是稳固政治地位，解除内忧隐患，进一步团结拉拢巫统、伊斯兰党，争取扩大对国会的掌控力。
2020年2月，泰国未来前进党遭宪法法院裁定解散，引发以年轻人为主力的示威抗议活动。随后疫情暴发，示威游行暂停。7月，反政府组织“自由青年”（后更名“民团2020”）发动数千民众举行示威游行，提出解散由巴育领导的国会、停止威胁异见人士、修正军方制定的宪法等诉求，后演变为巴育下台、修改宪法、限制王权“三大诉求”。同时，反政府组织“法政与游行联合阵线”首次呼吁改革泰国君主制体制，限制哇集拉隆功国王的权力，并提交十项具体要求，抗议活动升温并开始具有反对王权和君主制色彩。10月中旬，示威活动达到高潮，民众与警方发生暴力冲突，国内局势濒临失控，巴育宣布国家进入紧急状态。随后，泰王主动向示威者示好，示威者也宣布年内不再举行游行活动。目前看，哇集拉隆功的王权地位尚稳，巴育得到部分民众认可不会轻易下台，修宪程序推动缓慢且矛盾重重，泰国反政府示威活动将进入僵持阶段。但随着2020年底泰国疫情出现反复，以及示威者誓言将重新走上街头，2021年初可能出现反政府示威活动与疫情叠加的状况，巴育政府控局面临一定压力。
越共十三大预计将于2021年1月召开。此次会议将完成越共高层领导人换届，制定未来国家发展战略，对越南党和国家意义重大。年内，越共加紧开展纲领性文件起草完善、基层领导人任命、权力核心领导层甄选酝酿、舆论铺垫等准备工作。越共第十二届十二中全会、十三中全会、十四中全会先后于5月、10月、12月召开，会议聚焦十三大文件和人事准备，讨论并通过十三大报告草案等各项文件草案，选举产生越共中央直属机关委员会等机构，完成省部级党委改选工作，讨论并产生新一届中央委员、候补委员的候选人名单。同时，越南大力开展反腐工作，为十三大召开营造政治和舆论氛围。目前看，越南有望实现政权平稳交接，新一届中央委员会对政策的延续性将大于变革性。现任总书记阮富仲可能继续发挥政治影响力，书记处常务书记陈国旺、总理阮春福、河内市委书记王庭惠等有望进入核心领导层。老挝将于2021年2月召开人民革命党十一大，同时举行换届选举，现任总书记本扬有很大可能连任，高层人事变动不大。老挝总理通伦于12月初访问越南，在两党重要会议召开前互通情况、协调立场。
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